Ngoài việc là một kỳ thủ vô song trong các trận đấu, Go Seigen cũng có những đóng góp to lớn cho lý thuyết cờ vây, đặc biệt là trong lĩnh vực fuseki - khai cuộc toàn bàn. Ông cũng được biết đến, cùng với Kitani Minoru, là một trong hai người sáng tạo và giải thích hàng đầu của các shinfuseki, một giai đoạn thử nghiệm mang tính cách mạng trong khai cuộc mà rời xa hoàn toàn khỏi những cách thi đấu truyền thống. Go đã chia sẻ một số ý tưởng của mình với Hon'inbo Shuei, cho người mà ông đã dành nhiều sự tôn trọng.[8] Như một kết quả của những đóng góp đáng kể của họ với lý thuyết cờ vây, Go Seigen và Kitani Minoru đều được coi là những người sáng lập cờ vây hiện đại. Ông là người phát minh ra cách đánh đáng chú ý và mang tính cách mạng uchimagari (inward bending) là biến thể của nadare joseki. Nó lần đầu tiên được sử dụng trong một trận đấu với Takagawa Kaku năm 1957.[5]